Revelado em 1990 pelo Sinop, do Mato Grosso, foi contratado no mesmo ano pelo São Paulo, equipe da qual foi titular de 1997 até 2015. Sua principal característica foi a lealdade ao clube que serviu por 25 anos ininterruptos, sendo atualmente o jogador que mais vestiu a camisa de um mesmo clube na história do futebol mundial, tendo superado Pelé, que vestiu a camisa do Santos em 1116 jogos, além do norte-irlandês Noel Bailie, que mantém o recorde europeu com 1014 jogos pelo modesto Linfield United, e Ryan Giggs, que disputou 963 partidas pelo Manchester United.

Rogério possui inúmeros outros recordes expressivos, tal como o de maior goleiro artilheiro da história do futebol mundial (com 132 gols na data de sua aposentadoria), o jogador que mais vezes foi capitão de uma mesma equipe (982 jogos), e também o de jogador que mais venceu por um mesmo clube na história (com mais de 601 vitórias, batendo o recorde de Ryan Giggs, que era de 589 vitórias). Ficou conhecido pela torcida são paulina como Mito (com variações como M1TO ou mesmo M1T000, referência aos mais de 1000 jogos pelo clube), um apelido criado pelo jornalista Vitor Birner em meados do ano 2000, com reconhecimento pelo espírito profissional, raçudo e comprometido com o clube, apelido o qual, depois das grandes atuações e dos vários títulos importantes entre 2005 e 2008, se popularizou.

• Em 27 de julho de 2005 completou 618 jogos pelo São Paulo tornando-se o jogador que mais vezes atuou com a camisa do clube, quebrando o recorde de 617 partidas que pertencia a Valdir Peres;
• Em 22 de julho de 2007, na vitória do São Paulo sobre o Cruzeiro por 2 a 1 no Mineirão, completou 309 jogos em campeonatos brasileiros atuando pelo mesmo time quebrando o recorde que pertencia a Roberto Dinamite que havia atuado em 308 partidas pelo Vasco;
• No dia 1 de setembro de 2007, com uma goleada de 6 a 0 sobre o Paraná, no Morumbi, Rogério se tornou o goleiro são-paulino com a maior série de jogos sem sofrer gols em Campeonatos Brasileiros; 
• No Campeonato Brasileiro de 2007, Rogério e o São Paulo com dezenove gols contra em 38 partidas se tornou o segundo goleiro menos vazado de toda a história de Campeonatos Brasileiros;  
• No dia 30 de abril de 2008 completou a marca de 800 jogos, na partida contra o Nacional do Uruguai válida pelas oitavas-de-final da Copa Libertadores da América;
• No dia 19 de agosto de 2009, com um vitória sobre o Fluminense por 1 a 0, Rogério Ceni tornou-se o jogador que mais partidas jogou da história do Campeonato Brasileiro;  
• Na primeira partida pela repescagem na Copa Libertadores da América no Morumbi na goleada de 5 a 0 do São Paulo contra o Bolívar, Rogério Ceni chegou a 83 jogos superando o goleiro Manga e se tornando o brasileiro o recordista de Jogos na Copa Libertadores da América;
• No ano de 2006, com o título Brasileiro, Rogério Ceni se tornou o jogador com mais títulos conquistados oficiais com a camisa do São Paulo, superando o zagueiro Ronaldão e o atacante Müller com 13 títulos. São 22 títulos ao todo, sendo 16 deles em competições oficiais. Rogério ainda tem 3 títulos quando atuava nas categorias de base;
• É o segundo goleiro da história que tem mais títulos em um só clube;
• Em 28 de outubro de 2010, em partida contra o Clube Atlético Paranaense (2 a 1 para o São Paulo) pelo campeonato brasileiro, chegou a marca de 700 jogos como capitão de um time, marca ainda não alcançada por nenhum outro jogador (é o atleta que mais entrou com a tarja de capitão no mundo). Ele recebeu a tarja de capitão no ano de 1999;
• Em 28 de abril de 2010 completou 900 jogos pelo São Paulo Futebol Clube, no empate com o Universitario, na cidade de Lima;
• Em 23 de julho de 2011, na partida contra o Atlético Goianiense com 108 jogos consecutivos superou o goleiro Suly, que na década de 1960 atuou em 107 partidas seguidas na meta tricolor e se isolou como jogador que mais vezes atuou consecutivamente da história do São Paulo. A sequência foi quebrada quando ele completou 132 jogos seguidos e não pode jogar o próximo, contra o Vasco, devido a dores no tornozelo esquerdo; 
• Em 22 de maio de 2011, na partida contra o Fluminense válida pela primeira rodada do Campeonato Brasileiro completou uma série de 8786 minutos. É o atleta que mais minutos consecutivos jogou na história do São Paulo; 
• É o goleiro do São Paulo que mais venceu e que tem melhor aproveitamento em disputas de pênalti pós-jogo: 12 (em 16);
• Rogério é o maior vencedor do Troféu Mesa Redonda: ganhou as edições de 2004, 2005, 2006 e 2007;
• Rogério é o maior vencedor da Bola de Prata, premiação concedida pela revista Placar para os melhores de cada posição no Campeonato Brasileiro, ele ganhou em 2000, 2003, 2004, 2006, 2007, 2008 e em 2008 ganhou uma Bola de Ouro;
• Em 7 de setembro de 2011, completou 1000 partidas pelo clube do Morumbi, tornando-se o terceiro jogador a atuar mais partidas pelo mesmo clube no Brasil.
• No dia 16 de outubro de 2012 na vitoria do São Paulo sobre o Figueirense, o goleiro Rogério Ceni completou uma marca de 500 jogos no estádio tricolor. É o recordista geral de jogos no Estádio do Morumbi;
• No dia 8 de setembro de 2013 pela 19º rodada do Campeonato Brasileiro Rogério Ceni comemorou uma marca de 500 jogos em campeonatos nacionais, sendo disparado o recordista absoluto de atuações.
• É o jogador que mais entrou em campo com a faixa de capitão no mundo: 980 jogos.
• No dia 24 de novembro de 2013 completou 1.117 jogos com a camisa do São Paulo, se tornando o jogador com mais jogos por uma única equipe na historia do futebol.
• Em 20 de abril de 2014, o goleiro recebeu três certificados do Guinness, o livro dos recordes como jogador que mais vezes atuou e foi capitão de um mesmo time na história do futebol. Ganhou a oficialização como jogador que mais vezes atuou por um mesmo time na história do futebol mundial, onde atuou por 1.139 e o certificado de jogador que mais foi capitão de um mesmo time com 888 partidas. O Guinness também apurou recorde de gols que indica 117, o máximo já anotado por um goleiro.
• No dia 27 de outubro de 2014, o goleiro superou o recorde de Ryan Giggs de mais vitórias em um único time, contra o Goiás no Morumbi, recorde que antes era de 589 jogos.